El museo queda dividido en varios espacios y vamos a recorrer brevemente cada uno de ellos.

En primer lugar se encuentra la Planta Baja. Aquí se ubican piezas de mobiliario de finales del s. XIX que recuerdan la casa donde nació Diego de Rivera.

Después pasaría a visitarse el Primer Nivel. El Primer Nivel del Museo queda dividido en ocho salas.

Sala de la Mascarilla. Llamada así porque en ella se encuentra la máscara mortuoria de Diego Rivera realizada por el escultor Federico Canessi.

Sala Óleos. Sala en la que se muestran los trabajos realizados por Diego Rivera en su etapa formativa en la Academia de San Carlos.

Sala Cubismo. Que como indica su nombre contiene cuadros de este período, entre ellos El fusilero marino.

Sala de Desnudos y Dibujos. Aquí se exhiben, entre otros, los desnudos de Frida Kahlo y Dolores Olmedo.

Sala Litografías y Retratos. Una sala en la que destacan pinturas como La maestra rural, Zapata o El niño rojo.

Salas Popol Vuh. Este espacio ocupa dos salas, la seis y la siete y está dedicado a una colección de tintas inspiradas en el libro clásico de la cultura maya.

Sala del Patio. Sala utilizada para las exposiciones temporales.

Fotografía vía controvento